机构设置

综合处

负责综合事务管理、公文运转、安全保密、新闻宣传、办公信息化、档案管理、服务保障等工作；负责财务、预决算、资产、政府采购、内控等管理工作；承办社会组织有关工作。

党委办公室（人事处）

负责党委（纪委）的日常运转，承担思想政治建设、基层党组织建设，监督执纪问责、内部审计等工作，协助党委开展工青妇等群众工作和统战工作。负责干部选拔、干部监督、人才队伍建设、教育培训、人事工资、干部人事档案及退休干部管理等工作。

机制秘书处

组织开展公海和国际海底区域战略、规划、政策、法律、法规研究，承担拟订和实施的有关工作；承担国际海底资源勘探开发许可事宜；承办全国人大建议、全国政协提案。

监测预警处

组织开展监测预警，建设运行监测预警综合信息平台；组织建立公海和国际海底区域活动监测网络；组织研究深海重大问题；组织开展风险评估工作；负责公海和国际海底区域项目预算和绩效管理工作。

公海保护处

组织开展公海和国际海底区域空间利用研究，指导协调空间利用工作；组织开展公海保护区的划设研究；组织开展公海保护相关技术标准和规范研究；组织开展公海和国际海底区域生物多样性调查及保护修复；组织开展国际交流与合作，参与国际深海治理。

基因资源管理处

组织开展公海和国际海底区域遗传资源探采评估，分析其数字序列信息；组织建立深海遗传资源标识符等制度及信息交换机制，承担深海遗传资源管理相关工作；建设管理深海基因库，推进海洋遗传资源产业化利用。

深海活动评价处

组织开展公海和国际海底区域活动环境影响评价，指导协调我国在公海和国际海底区域的活动；组织开展相关技术标准和规范研究；承担深海科技创新相关工作；建设管理深海标本样品馆、深海大数据中心等公共平台。

海底业务处

组织开展国际海底区域矿产资源勘查开发，承担相关规划及技术标准与规范研究；组织开展国际海底区域矿产资源勘探合同履约工作；统筹开展公海和国际海底区域资源环境调查；负责调查船舶及装备能力建设和安全管理工作；开展国际海底地理实体命名研究。